Data-analyse schalen met Dask in Python: enkele eenvoudige stappen (2024)

Gepubliceerd op:
Een korte gids om data-analyse in Python te schalen met **Dask** (multi-threading / multi-processing).

Inleiding

Introductie tot Dask en de Voordelen voor Data-analyse

Dask is een flexibele bibliotheek voor parallelle computing in Python, speciaal voor data-analyse. Met Dask kun je je workflow opschalen om datasets te verwerken die te groot zijn voor een normaal pandas proces. Een van de leukste onderdelen van Dask is de naadloze API die direct aansluit op pandas, NumPy, en scikit-learn. Hierdoor verloopt de overgang naar Dask bijna zonder moeite.

import dask.dataframe as dd

# Stel je hebt een grote CSV-bestand, te groot voor geheugen
# Je kunt Dask dataframe gebruiken om het efficiënt te verwerken
dask_df = dd.read_csv('large_dataset.csv')

# Voer bewerkingen uit zoals je met pandas zou doen
resultaat = dask_df.groupby('kolomnaam').sum().compute()

Met dask.dataframe werk ik op een manier die vergelijkbaar is met pandas, maar onder de motorkap verdeelt Dask de data in beheersbare stukken en verwerkt ze parallel op alle beschikbare CPU-kernen.

Berekeningen in Dask zijn standaard lui, wat betekent dat ze niet starten totdat je expliciet om het resultaat vraagt met .compute(). Deze aanpak laat je een berekeningsgrafiek opbouwen, die door Dask geoptimaliseerd wordt voor uitvoering.

# Bouw een berekeningsgrafiek
lui_resultaat = dask_df.groupby('kolomnaam').sum()

# Bereken het resultaat wanneer je er klaar voor bent
eindresultaat = lui_resultaat.compute()

De kracht van Dask is niet alleen voor dataframes. Bij grote arrays biedt dask.array een grote verbetering ten opzichte van NumPy.

import dask.array as da

# Maak een grote random Dask array
grote_dask_array = da.random.random((10000, 10000), chunks=(1000, 1000))

# Bereken het gemiddelde
gemiddelde = grote_dask_array.mean().compute()

Maar wacht, er is meer. Machine learning kan ook een boost krijgen met Dask via de integratie met scikit-learn via dask-ml. Cross-validatie en hyperparameter-zoektochten kunnen nu worden gedaan op datasets die niet in het geheugen passen.

from dask_ml.model_selection import GridSearchCV
from sklearn.ensemble import RandomForestClassifier

# Bouw een grote dataset en een classifier
X, y = dask_ml.datasets.make_classification(n_samples=100000, chunks=10000)
schatter = RandomForestClassifier()

parameter_rooster = {'max_depth': [3, 5, 10], 'n_estimators': [10, 50, 100]}
zoek = GridSearchCV(schatter, parameter_rooster)

# Train het model met je out-of-core dataset
zoek.fit(X, y)

Het instellen van Dask is eenvoudig en het kan draaien op een laptop en ook op een cluster, waarmee je de volledige rekenkracht benut, waar dan ook. Terwijl ik mijn applicaties opschaal, zie ik Dask als de ruggengraat, waarmee ik grote hoeveelheden data zonder problemen kan verwerken.

En als ik ooit vastloop—wat iedereen overkomt—dan is er de rijke community rond Dask, van GitHub repositories tot de officiële documentatie en levendige Q&A forums die me ondersteunen.

from dask.distributed import Client

# Start een lokale Dask-client
client = Client()

# Dask-dashboard helpt je je berekeningen en middelen te visualiseren
print(client.dashboard_link)

Hoewel ik veel verschillende tools voor data-analyse heb gebruikt, valt Dask echt op. Het gaat niet alleen om de schaalbaarheid, maar ook om de balans tussen kracht en eenvoud, de community en de vreugde van het niet meer tegen limieten aanlopen. Voor nieuwkomers die hun analysevaardigheden willen verbeteren, is beginnen met Dask niet alleen slim—het is bijna noodzakelijk in de huidige wereld die gedreven wordt door grote data.

Uw Omgeving Inrichten voor Dask

Voordat we echt met Dask aan de slag gaan, is het cruciaal om een goede werkomgeving op te zetten. Ik herinner me nog dat toen ik begon met parallel computing, ik wenste dat iemand het proces voor me zou verhelderen. Laten we dit dus samen doornemen.

Om te beginnen kan ik niet genoeg benadrukken hoe belangrijk het is om een speciale omgeving voor je Dask-projecten te maken. Het gebruik van een tool zoals conda of venv is een redding bij het beheren van afhankelijkheden zonder je hoofd-Python-installatie te verpesten. Hier laat ik zien hoe je dit doet met conda:

conda create -n dask_env python=3.x anaconda
conda activate dask_env

In dit voorbeeld is dask_env de naam van onze nieuwe omgeving, en python=3.x moet overeenkomen met de versie van Python die je wilt gebruiken (controleer de laatste compatibele versie op het moment van installatie).

Daarna gaan we Dask installeren. Dit is heel eenvoudig met conda:

conda install dask

Als je liever pip gebruikt, kan dat ook:

pip install "dask[complete]"

Het [complete]-gedeelte zorgt ervoor dat je alle optionele afhankelijkheden krijgt, inclusief pandas en numpy, die essentieel zijn voor data-analyse.

Laten we nu kijken of alles werkt. Start Python in je nieuwe omgeving en probeer het volgende:

import dask.array as da

x = da.random.random((10000, 10000), chunks=(1000, 1000))
y = x + x.T
z = y[::2, 5000:].mean(axis=1)
z.compute()

Als dit zonder fout een array oplevert, gefeliciteerd! Je hebt Dask succesvol geïnstalleerd.

Maar we willen meer dan alleen de basis. Om het meeste uit Dask te halen, vooral bij grote berekeningen die niet in het geheugen passen, is het handig om een dask.distributed Client op te zetten. Hiermee krijg je inzicht in wat er onder de motorkap gebeurt dankzij de diagnostische webinterface.

Zo initieer je een LocalCluster en Client:

from dask.distributed import Client, LocalCluster

cluster = LocalCluster()
client = Client(cluster)
client

Na het uitvoeren hiervan krijg je een link naar het dashboard. Klik erop om gedetailleerde real-time rapporten van je berekeningen te zien. Het is echt gaaf om taken parallel verwerkt te zien worden!

Voor dataversleuteling en lazy loading is het goed om Dask te combineren met bibliotheken zoals dask.dataframe en dask.delayed. Het lazy evaluatiemodel dat deze bibliotheken gebruiken, stelt de berekening uit totdat het nodig is, wat je veel tijd en rekencapaciteit bespaart. Hier is een eenvoudig voorbeeld:

import dask.dataframe as dd

# Lees een CSV in een Dask DataFrame
ddf = dd.read_csv('large-dataset.csv')

# Voer een eenvoudige bewerking uit
result = ddf.groupby('category').sum().compute()

Onthoud dat compute() de daadwerkelijke berekening start, dus gebruik het verstandig.

Vergeet tot slot niet je omgevingsinstellingen te beheren met versiebeheer. Ik raad aan om de details van je omgeving vast te leggen met de exportfunctie van conda:

conda env export  environment.yml

Op deze manier kun je veranderingen bijhouden of de omgeving opnieuw aanmaken als dat nodig is.

Dat is in principe alles voor het opzetten van Dask. Elke stap is eenvoudig, maar draagt bij aan een robuuste omgeving voor parallelle berekeningen. Als je ooit vastloopt, is de Dask-documentatie (https://docs.dask.org/en/latest/) ontzettend gedetailleerd, en de gemeenschap op Stack Overflow en GitHub (https://github.com/dask/dask) is super behulpzaam.

Onthoud dat deze basis je in staat stelt om schaalbare data-analysepijplijnen te bouwen die die gigantische datasets met gemak aankunnen, en dat is waar Dask om draait!

Basisstappen voor het Schalen van uw Gegevensanalyse met Dask

In data-analyse is schaalbaarheid vaak de brug tussen een mooi proefproject en een volledig operationele datapijplijn. Toen ik voor het eerst met grote datasets werkte, besefte ik al snel dat traditionele tools zoals pandas veel geheugen gebruikten en crashten, totdat ik Dask ontdekte. Het is een echte game-changer geweest om mijn werk op te schalen zonder in te leveren op de vertrouwdheid van de pandas API. Hier geef ik een overzicht van basisstappen om je data-analyse te schalen met Dask, direct uit mijn ervaring.

Om te beginnen maken we een Dask DataFrame. Stel je voor dat je een enorm CSV-bestand laadt waar pandas normaal gesproken moeite mee heeft. Met Dask heb je bijna dezelfde ervaring, maar dan met de achtergrondmagie van luie evaluatie en parallelle verwerking.

from dask import dataframe as dd

# Lees een CSV bestand in een Dask DataFrame
dask_df = dd.read_csv('gigantisch_dataset.csv')

Merk op dat het de data nog niet daadwerkelijk heeft geladen—dat is de luie evaluatie in actie. Dit stelt Dask in staat om geheugen en verwerkingsbronnen slim te beheren.

Laten we nu een simpele groupby-bewerking uitvoeren. In pandas vind je dit misschien bekend. Met Dask is het vrijwel dezelfde code, wat geweldig is voor beginners.

# Groepeer op een kolom en bereken het gemiddelde
result = dask_df.groupby('categorie_kolom').mean().compute()

Wat hier belangrijk is, is de .compute() methode. Totdat je dit aanroept, plant Dask alleen de operaties die het moet uitvoeren. Zodra je .compute() aanroept, gaat het aan de slag en gebruikt het alle beschikbare CPU-kernen om de taak snel en efficiënt uit te voeren.

Het omgaan met ontbrekende waarden is een veelvoorkomende taak in data-analyse. Dask behandelt dit op een vergelijkbare manier als pandas, waardoor de overstap soepeler verloopt.

# Vul ontbrekende waarden in met het gemiddelde van de kolom
filled_df = dask_df.fillna(dask_df.mean()).compute()

Maar hoe zit het met het toepassen van aangepaste functies? Geen zorgen, Dask dekt dat ook. Hier is hoe ik een aangepaste logtransformatie toepaste op een kolom van een DataFrame:

import numpy as np

# Definieer een aangepaste logfunctie
def log_transform(x):
    return np.log(x + 1)  # Voeg 1 toe om log(0) te voorkomen

# Pas de aangepaste functie element-gewijs toe
transformed_df = dask_df['numerieke_kolom'].apply(log_transform, meta=('x', float)).compute()

De meta parameter is cruciaal—het vertelt Dask hoe het uitvoerformaat eruit zal zien, zodat het dienovereenkomstig kan plannen.

En tot slot, stel dat je twee Dask DataFrames wilt samenvoegen op een sleutelkolom. Dat zou je zo doen:

# Voeg twee Dask DataFrames samen
merged_df = dask_df.merge(another_dask_df, on='sleutel_kolom').compute()

Dit zijn fundamentele Dask-operaties die iedereen kunnen helpen de overgang te maken van kleine naar grootschalige data-analyse. Het belangrijkste is om altijd te onthouden om .compute() te gebruiken wanneer je klaar bent, en de meta te beschrijven waar nodig. Geduld is ook belangrijk—bij het werken met big data krijgt zelfs Dask wat tijd nodig, hoewel het aanzienlijk sneller is dan de alternatieven die niet voor dezelfde schaal zijn gebouwd.

De Dask documentatie is uitgebreid; ik bezocht vaak de officiële Dask documentatie voor referenties. Bovendien is de Dask GitHub repository een goudmijn aan informatie, vooral de examples directory die me hielp echte gebruikssituaties te begrijpen.

Hoewel deze stappen basis zijn, leggen ze de kern neer van schaalbare data-analyse. Met deze tools kun je beginnen te oefenen op grotere datasets en binnenkort zul je bedreven zijn in het beheren van data op een schaal die traditionele bibliotheken moeilijk kunnen handelen.

Geavanceerde Tips en Tricks voor het Optimaliseren van Dask Prestaties

In de wereld van data-intensieve computatie kan elke beetje efficiëntie een groot verschil maken. Toen ik net begon met Dask, was ik tevreden met de directe versnelling van mijn pandas workflows. Maar toen liep ik tegen beperkingen aan: lange rekentijden, soms fouten door geheugentekort, en die vervelende prestatieproblemen. Als je soortgelijke problemen hebt, maak je geen zorgen. Laten we samen kijken naar enkele geavanceerde tips om je Dask-prestaties te optimaliseren.

Voordat je aan optimalisatie begint, is het belangrijk om bekend te zijn met het Dask dashboard. Het is een realtime venster naar je Dask-cluster dat je laat zien welke taken draaien, het geheugengebruik en veel meer. Het openen is simpel:

from dask.distributed import Client
client = Client()
client

Als je de bovenstaande code uitvoert, krijg je een link naar je dashboard. Houd het open! Je zult snel knelpunten ontdekken.

Een krachtige tip is het wijs gebruiken van de persist methode. Als je interactief werkt en je weet dat je een Dask DataFrame meerdere keren gaat hergebruiken, gebruik persist om het in het geheugen te houden. Dit vermindert de rekentijd aanzienlijk:

import dask.dataframe as dd
ddf = dd.read_csv('grote-dataset-*.csv')
ddf = client.persist(ddf)

Maar, houd niet alles blindelings in geheugen—geheugen is niet oneindig. Het dashboard helpt je beslissen wat de moeite waard is om in geheugen te houden en wat niet.

Een ander belangrijk punt is het kiezen van de juiste taak scheduler. Voor kleine datasets is de single-threaded scheduler prima, maar als je opschaalt, moet je overschakelen. De threaded scheduler werkt goed bij I/O-bound taken, terwijl de multiprocessing scheduler beter is voor CPU-bound taken. Dit is hoe je de threaded scheduler expliciet aangeeft:

result = ddf.compute(scheduler='threads')

Vergeet niet, de standaard scheduler is vaak de threaded en meestal een goed beginpunt.

Als je taken zwaar rekenen, denk aan de grootte van je brokken. Kleinere brokken betekenen meer parallelle taken, maar als ze te klein zijn, lijd je onder de overhead. Omgekeerd kunnen grote brokken leiden tot onderbenutting van je processors. Dit is hoe je een grootte voor een brok specificeert:

ddf = ddf.repartition(npartitions=gewenst_aantal_partities)

Als vuistregel, richt je op partities die minstens een paar tientalen megabytes groot zijn.

Een belangrijk, maar vaak over het hoofd gezien aspect, is data-lokaliteit. Als je een verdeelde Dask-cluster runt, probeer je data zo dicht mogelijk bij je workers op te slaan. Dit vermindert dataoverdoeken aanzienlijk.

Tot slot, bekijk je Dask configuratie. Je kunt verschillende parameters instellen zoals work stealing, geheugenlimieten, en thread pool instellingen. De configuratie van Dask is uitgebreid, en een goed afgestelde setup kan een wereld van verschil maken. Zo stel je een geheugenlimiet voor elke worker in:

client = Client(memory_limit='4GB')

Verwijs altijd naar de Dask configuration documentation voor de nieuwste opties.

Gebruik deze technieken en blijf herhalen en monitoren. Optimalisatie is meestal een doorlopend proces, geen eenmalige oplossing. Mijn gebruikelijke methode is aanpassen, runnen, en het dashboard in de gaten houden. Het is verrassend hoe deze geavanceerde aanpassingen de verwerkingstijd van koffiepauzes naar een oogwenk kunnen transformeren. Succes met optimaliseren!


Delen

Opmerkingen (0)

Een reactie plaatsen

© 2023 - 2024 — TensorScience. Alle rechten voorbehouden.